Si montohen kontigat në skela?

2024 Autor: Miles Stephen | [email protected]. E modifikuara e fundit: 2023-12-15 23:40

Kur krijoni një draft gjenom, leximet individuale të ADN-së janë të parat të montuara në kontigje , të cilat, për nga natyra e tyre montim , kanë boshllëqe mes tyre. Hapi tjetër është te pastaj lidhni boshllëqet ndërmjet këtyre vazhdon të krijoni një skelë . Kjo mund të bëhet duke përdorur ose hartëzimin optik ose renditjen e çifteve.

Në mënyrë të ngjashme, ju mund të pyesni, çfarë janë kontigat dhe skelat?

A skelë është një pjesë e sekuencës së gjenomit të rindërtuar nga klone të armëve gjahu me sekuencë të plotë të gjenomit. Skelat janë të përbëra nga kontigs dhe boshllëqe. A kontig është një gjatësi e vazhdueshme e sekuencës gjenomike në të cilën rendi i bazave njihet me një nivel të lartë besimi. Në disa raste, skelat mund të mbivendosen.

Gjithashtu, çfarë është contigs në bioinformatikë? A kontig (nga Contiguous) është një grup segmentesh të mbivendosura të ADN-së që së bashku përfaqësojnë një rajon konsensusi të ADN-së. Contigs Kështu mund t'i referohet si sekuencës së ADN-së së mbivendosur, ashtu edhe segmenteve fizike të mbivendosura (fragmenteve) të përfshira në klone në varësi të kontekstit.

Në këtë drejtim, si montohen kontigat?

Grupi i sekuencës së mbivendosur të ADN-së të fragmenteve të ADN-së njihet si a kontig . Contig hartëzimi është një proces me anë të të cilit mbivendosen klonet të montuara për të renditur atë mbivendosje. Kjo përfshin rregullimin e kontigs sipas rendit dhe orientimit. Klon kontigs mund të jetë automatikisht të montuara duke përdorur sekuencat e tyre fundore BAC.

Pse kontigjentet janë të rëndësishme?

Contig asambleja është një e rëndësishme hap në montimin e gjenomit. Për hartëzimin, klonet e mbivendosura mblidhen për të renditur ato që mbivendosen. Çdo fragment klonohet në një vektor dhe sekuencohet nga të dy skajet për të prodhuar një gjatësi sekuence prej afërsisht 600-700 bp. Sekuenca nga të dy skajet e fragmentit të ADN-së quhet fund çift.