Si llogaritet rezultati i shtrirjes?
Si llogaritet rezultati i shtrirjes?

Video: Si llogaritet rezultati i shtrirjes?

Video: Si llogaritet rezultati i shtrirjes?
Video: Si të dallojmë mjaltin bio/Procesi i nxjerrjes dhe provat e cilësisë 2024, Nëntor
Anonim

Të pikë i nje radhitje , S, llogaritur si shuma e zëvendësimit dhe hendekut pikët . Zëvendësimi pikët jepen nga një tabelë kërkimore (shih PAM, BLOSUM). Boshllëk pikët janë tipike llogaritur si shuma e G, penalltia e hapjes së hendekut dhe L, dënimi për zgjerimin e hendekut. Për një boshllëk me gjatësi n, kostoja e hendekut do të ishte G+Ln.

Prandaj, çfarë është rezultati i shtrirjes?

Optimale radhitje dhe rezultati i shtrirjes Një optimale radhitje eshte nje radhitje duke dhënë më të lartën pikë , dhe rezultati i shtrirjes është kjo më e larta pikë . Kjo është, rezultati i shtrirjes e X dhe Y = the pikë e X dhe Y nën një optimale radhitje . Për shembull, rezultati i shtrirjes nga X dhe Y në vijim është 36.

Përveç sa më sipër, si funksionon shtrirja e sekuencave? Në bioinformatikë, a rreshtimi i sekuencës është një mënyrë për të rregulluar sekuencat e ADN-së, ARN-së ose proteinës për të identifikuar rajonet e ngjashmërisë që mund të jenë pasojë e marrëdhënieve funksionale, strukturore ose evolucionare ndërmjet sekuencat.

Nga këtu, çfarë është rezultati në bioinformatikë?

Në kontekstin e rreshtimeve të sekuencave, a pikë është një vlerë numerike që përshkruan cilësinë e përgjithshme të një shtrirjeje. Numrat më të lartë korrespondojnë me ngjashmëri më të madhe. Të pikë shkalla varet nga duke shënuar sistemi i përdorur (matrica e zëvendësimit, dënimi i hendekut).

Çfarë është shtrirja optimale në shtrirjen e sekuencës?

Të shtrirje optimale nga dy proteina sekuencat eshte radhitje që maksimizon shumën e pikëve në çift më pak çdo penallti për boshllëqet e paraqitura. Programimi dinamik lejon shtrirje optimale nga dy sekuencat të gjendet në rendin e hapave mn, ku m dhe n janë gjatësitë e sekuencat.

Recommended: